Vystudoval střední průmyslovou školu spojové techniky v Praze, poté obor filosofie a psychologie na Filosofické fakultě Univerzity Karlovy; titul PhDr získal na katedře filosofie (26. 5. 1979). Habilitoval na FF UK v Praze 26. 5. 1997 v oboru pedagogika prací Poslání učitele (diskurs o profesionalizaci učitelů); prošel výcvikem v ballintovských skupinách.
Po studiích přešel na katedru pedagogiky FF UK. V letech 1995-1999 byl ředitelem Pedagogické laboratoře při školském úřadu Praha 1. V letech 1995 – 2015 byl prezidentem společnosti Czechdidac, která sdružovala výrobce, distributory a uživatele moderní vyučovací techniky v České republice (v r. 1998 se stala členem mezinárodní organizace Worddidac a Deutsche Didacta Verband). Od února 2000 do ledna 2003 byl proděkanem FF UK pro doktorské studium, celoživotní vzdělávání a akreditace a členem vědecké rady FF UK.
Po příchodu na katedru pedagogiky přednášel obecnou pedagogiku, obecnou psychologii, sociologii výchovy a sociální psychologii. Již v době studií se v sedmdesátých letech účastnil podzemních bytových seminářů, věnovaných převážně filosofickým tématům. Vždy jej přitahovala metodologie vědy a mezipředmětové vztahy, zvláště formování hraničních a tzv. aplikovaných věd. Svůj zájem věnoval souboru humanitních disciplín, od osmdesátých let minulého století se cíleněji zaměřil na problematiku psychoterapie. Před listopadem 1989 přednášel obecnou pedagogiku ve společném základu učitelského studia Přírodovědecké fakulty UK v Praze a na Evangelické teologické fakultě. UK. Po listopadu 1989 přednášel na katedře pedagogiky FF UK filosofii výchovy, filosoficky koncipované základy evropské vzdělanosti, sociální psychologii a sociologii výchovy. Orientoval se na otázky sociální patologie se zaměřením na děti a dospívající mládež. Účastnil se školení učitelů a jejich supervizního výcviku, přednášel řadu témat na pomezí filosofie a psychologie jak na Pražské psychoterapeutické fakultě, tak na Pražské vysoké škole psychosociálních studií, na které působí ve funkci prorektora pro studium.
Je členem výboru společnosti pro fenomenologickou filosofii a psychoterapii. Je členem oborové rady na katedře pedagogiky Filozofické fakulty UK v Praze; je členem oborové rady pedagogiky na FF MU v Brně, je členem oborové rady ošetřovatelství na katedře ošetřovatelství ZSF JU v Českých Budějovicích; je členem vědecké rady Pražské vysoké školy psychosociálních studií, členem vědecké rady Institutu vzdělávání a poradenství České zemědělské univerzity, členem vědecké rady UJAK Praha; v současné době spolupracuje s katedrou společenských věd při studiu učitelství pro SŚ a VŚ učitele. Je členem redakční rady časopisu Pedagogika a člen redakční rady časopisu e-Pedagogium.
Otázky dějin filosofie, fenomenologie, hermeneutiky a interdisciplinární vztahy ve společenských vědách; sociální psychologie, pedagogika, sociologie výchovy, problematika profesionalizace, sociálně patologické jevy.
Koťa, J. (2015) Vybrané problémy sester v postmoderní době. In: Cesta k modernímu ošetřovatelství XVIII. (recenzovaný sborník z konference s mezinárodní účastí konané 15.9.2016) Praha: FN Motol, s. 7 - 30.
Koťa, J. (2016) Vzdělání v konfrontaci s přirozeným světem a vědou. In: Strouhal, M. (Edit.) Vzdělání a dnešek. Praha: Karolinum, s. s. 42 – 57.
Koťa, J. (2016) Diskurs o modernizaci výuky a školy v podmínkách totalitární společnosti (na příkladu FF UK v Praze po r. 1968 v normalizačním režimu). Historia scholastika II. č. 2., s. 36 – 41.
Strouhal, M. – Koťa, J. (2016). Vzdělanost jako problém a jako výzva. K proměnám univerzity a smyslu vysokoškolské přípravy budoucích učitelů. in: Strouhal, M. (Edit) Učit se být. K vybraným problémům učitelského vzdělávání. Praha: Karolinum, s. 14 – 43.
Koťa, J. (2015) Vybrané problémy sester v postmoderní době. In: Cesta k modernímu ošetřovatelství XVIII. (recenzovaný sborník z konference s mezinárodní účastí konané 15.9.2016) Praha: FN Motol, s. 7 - 30.
Koťa, J. (2016) Vývojová psychologie jako cesta k pramenům a zdrojům růstu dítěte a dospívajícího. In: Jedlička, R. Psychický vývoj dítěte a výchova. Jak porozumět socializačním obtížím. Praha: Grada, , s. 211 – 214.
Koťa, J. (2017) Hledání identity v čase plurality hodnot. Příspěvek na konferenci Edukácia v kontextoch plurality hodnot. Fakulta humanitných vied, Žilina, 5. september 2017. .
Koťa, J. Profesionalizace učitelů jako živelný proces. Příspěvek na konferenci Pedagogická profesia z aspektu vedy, výskumu a praxe Prešov 24. - 25. 10. 2017 Fakulta humanitných a prírodných vied v Prešove a Slovenská pedagogická spoločnost. 2018.
Koťa, J. – Strouhal, M. (2017) Kontroverze humanismu a jeho dědictví v sociálních vědách a v pedagogice. E-Pedagogium 1/2017, s. 25 – 34.
Koťa, J. – Strouhal, M. (2017) Kontroverze humanismu a jeho dědictví v sociálních vědách a v pedagogice II. E-Pedagogium 2/2017, s. 27 – 36.
Koťa, J. (2018) Sestry na křižovatce. In: Jirkovský, D. (Edit.) Cesta k modernímu ošetřovatelství XX. (elektronický sborník příspěvků a abstrakt z 13. 9.2018 v FN Motol) Praha: Fakultní nemocnice v Motole, 2018, s. 8 – 13.
Koťa, J. (2018) Logos a identita. In: Pelcová, N. – A. Hogenová (Edit.) Logos ve výchově, umění a sportu. Praha: Univerzita Karlova – Pedagogická fakulta, s. 63 – 68.
Koťa, J.: (2018) Hledání identity v čase plurality hodnot. In Balátová, K.. - Grecmanová, H. - Urbanovská, E. (Edit.) Edukace v kontextech plurality hodnot. Ružomberok: EQUILIBRIA, s.r.o. ISBN 978-80-8143-238-5, s. 5 - 20.
Koťa, J. (2018) Sociálněpsychologické poznání v pedagogickém prostoru. In: Jedlička, R. – J. Koťa, J. Slavík. Pedagogická psychologie pro učitele. Psychologie ve výchově a vzdělávání. Praha: Grada, ISBN 978-80-271-0586-1, s.15 – 166.
Koťa, Jaroslav (2019) Mgr. Renáta Provazníková a humanizace státní správy. In: Provazníková, Renáta (2019) Komunikace, vztahy a rozvoj osobnosti. (Soubor statí z let 2012 – 2018), Praha: Česká správa sociálního zabezpečení. s. 7 – 11.
Koťa, Jaroslav (2019) Otázky profesionalizace a humanismu v ošetřovatelské profesi. In: Cesta k modernímu ošetřovatelství XXI. (konference s mezinárodní účastí 12. 9. 2019) Praha: FN Motol, ISBN 978-80-87347-41-6, s. 8 – 13.
Koťa, Jaroslav (2019) Sociologie výchovy, její vědní profil a perspektivy. e-Pedagogium III/2019, s. 7 – 20.
Stasková, Věra – Tóthová, Valerie – Koťa, Jaroslav (2019) Odkaz Joyce E. Travelbee pro ošetřovatelství 21. století. Praha: Grada. 131 s.
Koťa, J. – Strouhal, M. Láska jako opomíjené pedagogické téma? (příspěvek k problému koexistence učitelů a žáků ve školním vzdělávání) In: Pelcová, N. – Květoňová, L. (Edit.) Existence a koexistence ve filosofické, sociálně pedagogické a psychologické reflexi. Praha: Pedagogická fakulta, 2020, s.37 -50.
Český rozhlas, Tandem, 4. 2. 2013
Sociální psychologie I. - X.
Spiritualita v postmoderní době
Platón o duši I. - III.